降格した2001年には、ラモス瑠偉らを擁する沖縄かりゆしの後塵を拝したが、2002年に沖縄県リーグ1部で3年ぶりに優勝、九州各県リーグ決勝大会でも優勝し、3年ぶりの九州サッカーリーグ復帰を果たした。 再昇格後、2009年度まで7シーズン連続で沖縄 サッカーリーグに在籍しているが、いずれも中位から下位の順位で、先述の沖縄かりゆしや、後に九州サッカーリーグに昇格し現在はJFLに在籍するFC琉球の後塵を拝する形となっている。2006年度には9チーム中最下位となり、翌年1月に九州各県リーグ決勝大会2位の延岡市SCとの入替戦まで経験したが4-3で勝利して残留した。